一、同一个程序运行时的窗口图标与收藏夹图标不合并的问题：
在网上看到了很多都在复制粘贴别人的内容，都是让添加StartupWMClass，有时候这样并不会生效，另外收藏夹的图标添加有两种情况：
1）从桌面上自己创建的快捷方式.desktop文件右键收藏（在/.local/share/applications下）
2）从“全部应用”那里直接右键收藏（全部应用列表里的.desktop文件在/usr/share/applications下）
二、导致StartupWMClass不生效的原因：
网上说的那么简单，却没有生效，所以只能自己开始摸索到底为啥没有生效，最后发现是因为快捷方式名称与获取到的那个名称并不一致导致的，即.desktop文件中的Name=XXX，与网上那种鼠标检测的运行窗口名称不一致。比如我的Pycharm就是名为Pycharm的图标，然后右键添加至收藏夹，鼠标指到收藏夹的图标上显示的就是名字“Pycharm”，可是运行窗口检测到的名称是“jetbrains-pycharm”，这导致了怎么添加StartupWMClass都是无效的，而网上到处都千篇一律在强调添加时StartupWMClass=XXX后面的名字要与检测到的名字一致…没人说这个更关键的问题。
三、解决方案
1、获取程序窗口名
运行图标不合并的程序，窗口不要最小化，然后打开终端，输入：
xprop WM_CLASS
鼠标将变成一个十字，此时点击正在运行的那个程序窗口，可以看到终端获得一个输出（以pycharm为例）
第二个名称就是我们要用到的，待会要复制下来。
2、修改快捷方式.desktop文件（即应用程序的启动图标）
首先说明一下，显示程序图标的位置，有三个地方，收藏夹、全部应用、桌面，为了确保不管从哪里运行同一个程序，都能成功合并，进行如下操作：
（1）首先确认要改的程序有几处图标，一般“全部应用”这一处必定存在，确保这一处存在后，继续往下操作；
（2）从收藏夹移除要解决的问题图标，从“全部应用”重新右键添加至收藏夹；
（3）修改“全部应用”中图标的.desktop文件，该图标的路径：/usr/share/applications
找到要修改的程序图标（以Pycharm图标为例），使用文本编辑器打开，或在终端开启编辑：
sudo gedit pycharm.desktop
把鼠标检测到的程序窗口名称（第二个名字）复制一下，在最后添加一行：（其他行不用管，每个人快捷方式定义参数不一定都一样，能用就行，我上面这个截图，有些参数就不是必须的）
StartupWMClass=jetbrains-pycharm # 名字改成之前终端输出的第二个名字
修改完特别要注意，看看你的上面是不是有一行 Name=XXX 的定义，定义的Name是不是和鼠标检测出的名称一致！！！不一致就把Name也改成检测到的名称。
就是这个名字不一致，导致的添加了StartupWMClass却始终不生效，所以不管你鼠标识别的那个名称多不顺眼，也要把这个Name值改的跟他一样，保存文件并关闭。
（4）如果本来桌面上就没有快捷方式图标或者你不想要桌面这个，删除后跳至第（5）步即可。
如果桌面上还有一个该程序的快捷方式图标，并且想要桌面上保留这个程序的快捷方式，那么执行第（3）步中同样的操作，确保桌面上这个图标.desktop文件名称也一致，桌面上图标文件的路径：/.local/share/applications （注意：.local是主目录下的隐藏文件夹）
（当然要是不想这么费劲，也可以直接删除桌面上的快捷方式，把第（3）步修改的那个图标复制到桌面上）
（5）退出运行的程序窗口，把鼠标指到收藏夹中那个程序图标上去，看看名字是不是变为你刚刚修改后的Name（即修改后是否与鼠标检测的名称一致了），如果是，那再次启动程序的时候，就会发现之前一直无效的问题终于解决了，图标合并了。（下图中我开启了两个pycharm窗口，全都合并在了收藏夹最后这个pycharm图标上了）
参考链接：https://www.cnblogs.com/bulala233/p/10267355.html
PS：所以网上很多东西可以参考，但是那些并没有效果的，查来查去都是人云亦云，一篇文章复制的满天飞，不如干脆自己去折腾一下，比继续看这些翻来覆去一个样的资料有用的多。程序员要大胆，小手一动，只要关键数据提前留下来，大不了重装…奇怪的知识就是这么增加的。
希望能帮到那些查遍资料还是始终无法合并图标的人。
转载：https://blog.csdn.net/Alibutter/article/details/112827951